Компьютерные программы для генерации конформаций лигандов – потенциальных лекарственных препаратов.

Abstract

В статье проведена сравнительная характеристика программ, используемых при создании конформаций лигандов. На основании проанализированных данных выбрана онлайн-программа FROG2 ввиду ее следующих характеристик: доступности, способности генерировать конформации для циклических молекул, стереоизомеров, удобства интерфейса; высокой скорости генерации конформаций. Она позволяет быстро проанализировать конформационное пространство лигандов. Результат работы программы можно сохранить в виде определенных файлов наиболее часто используемых форматов, которые могут использоваться как входные данные для других программ, позволяющих рассчитать дескрипторы химической структуры. Полученные дескрипторы необходимы для дальнейшей оценки биологической активности соединения – потенциального активно действующего вещества при разработке нового лекарственного препарата. = The article provides a comparative description of the programs that are used to create ligand conformations. Based on the analyzed data, the online program FROG2 was selected because of the following characteristics: accessibility, ability to generate conformations for cyclic molecules, stereoisomers, interface convenience, high rate of conformation generation. It allows to get a sufficient number of conformations for ligands, in the definite file formats, which could be input files for the other programs and that allows to calculate descriptors of the chemical structures of conformations. The obtained descriptors are necessary for further evaluation of the biological activity of the compound – a potential active substance in the development of a new medicine.